Trois principaux groupes de travail spécialisés par type de bioagresseurs informent, sur leur site web, sur la classification des PPP :
Cependant, des bioagresseurs même aussi taxonomiquement éloignés que des adventices, des champignons, des acariens et des insectes peuvent posséder des cibles biochimiques communes. De ce fait, il semble logique de considérer les substances insecticides, acaricides, herbicides et/ou fongicides agissant sur une même cible comme ayant un même mode d’action. Par ailleurs, tout comme les PPP « classiques », les produits de biocontrôle peuvent être confrontés à l’évolution de résistances chez les bioagresseurs ciblés, ce qui implique de les considérer comme un mode d’action à part entière et de les intégrer dans cette nomenclature.
R4P propose donc une classification unifiée des PPP qui tient compte de ces particularités, et regroupe sous un même code des substances ou des agents de biocontrôle homologués contre des pathogènes, des insectes/acariens et/ou des adventices.